PRIDENA busca realizar sus objetivos mediante una articulación de actividades de acción social, investigación y docencia. 

Las acciones se estructuran en los siguientes ejes de trabajo:

• Investigación: Este eje promueve la generación de espacios para la investigación, divulgación y discusión de temas inherentes a los derechos de las niñas, niños y adolescentes.
• Trabajo Local: Se enfoca en fomentar la participación de las niñas, niños y adolescentes en sus comunidades, facilitando la expresión de sus intereses y necesidades. Esta dinámica contribuye al fortalecimiento del impacto territorial de la Universidad de Costa Rica.
• Educación y Comunicación: Contribuye a la integración del enfoque de Derechos Humanos tanto en el ámbito académico como social, a través de la implementación de estrategias de comunicación y formación.
• Gestión: Este eje es responsable de la coordinación de los distintos componentes que conforman PRIDENA, asegurando la cohesión y la operatividad de las acciones desarrolladas en cada uno de ellos.
• Incidencia Política: Su objetivo es tener influencia en los ámbitos de decisión y formar alianzas con otras entidades para la creación de estrategias enfocadas en el respeto efectivo de los derechos de niñas, niños y adolescentes.